محل دفن حضرت امام حسین(ع) یا همان گودال قتلگاه، اکنون دارای سقفی است که روی آن صندوقی نهاده شده است. ضریح متبرک این بارگاه در میان روضه منوره قرار گرفته که همان نیز در بین مسجد (مسجد بالا سر و مسجد پشت سر) و در طرف پایین پا در زاویه روضه قبور شهداست. این مجموعه هم اکنون حرم امام حسین(ع) را تشکیل می دهد و حرم نیز میان رواق و رواق در وسط صحن است .

ضریح مقدس در وسط واقع است و از نقره خالص ساخته شده که در پیش روی آن با طلا و به خط نسخ نوشته شده: “ولا تحسبن الذین قتلوا فی سبیل الله امواتا بل احیاء عند ربهم یرزقون” و در بالای سر، “آیه نور” نوشته شده است. صحن مطهر حسین(ع) دارای هفت باب است که عبارتند از: باب قبله که ساعتی بر فراز آن نصب است، باب قاضی الحاجات، باب زینبیه که در حدود تل زینبیه قرار دارد، باب سلطانی، باب بازار بزازها، باب سدره که در شمال صحن بود

و به بازار و اطراف راه دارد و باب صافی که به در بین الحرمین نیز معروف است .

حضرت امام جعفر صادق علیه السلام فرمود: “نماز در چهار مکان کامل خوانده می شود : مسجد الحرام (مکه)، مسجدالرسول(مدینه)، مسجد کوفه، و حرم امام حسین علیه السلام.”

ضریح شش گوشه حضرت سیدالشهداء
در میان اقوال مورخان درباره چگونگی دفن حضرت سیدالشهداء و یاران باوفای آن حضرت اندک تفاوتی، دیده می شود. شیخ مفید پس از ذکر اسامی ۱۷ نفر از شهیدان بنی هاشم که همگی از برادران و برادرزادگان و عموزادگان امام حسین(ع) بودند، می فرماید: آنان پایین پای آن حضرت در یک قبر (گودی بزرگ) دفن شدند که هیچ اثری از آن نیست و فقط زائران با اشاره به زمین در طرف پای امام(ع) آنان را زیارت می کنند و علی بن الحسین(ع) (علی اکبر) از جمله آنان است، برخی گفته اند: محل دفن علی اکبر نسبت به قبر امام حسین(ع) نزدیک ترین محل است.

شیخ همچنین می گوید: پس از بازگشت عمر بن سعد از کربلا، جماعتی از بنی اسد که در غاضریه سکونت داشتند، آمده و بر پیکر امام حسین(ع) و یارانش نماز گذاردند و آن حضرت را همان جایی که الان قبر اوست، دفن کردند و علی ابن الحسین (علی اکبر ع) را در پایین پای پدر به خاک سپردند، سپس برای دیگر شهیدان از اهل بیت و اصحاب، حفیره ای کندند و همه آنان را در آن به صورت دسته جمعی دفن کردند و عباس بن علی(ع) را در راه غاضریه، در همان محلی که به شهادت رسید و اکنون قبر اوست به خاک سپردند.